Biverkningarna skiljer något mellan de olika metylfenidatpreparaten. Främst skiljer frekvensen av samma eller liknande biverkningar. Skillnaderna förklaras främst av de olika frisättningskurvorna, men även hur biverkningarna registrerats och hur länge och omfattande preparaten använts.

De vanligaste biverkningarna är bl.a.: Huvudvärk,nervositet, insomningssvårigheter, minskad aptit, magsmärtor, illamående, dåsighet , yrsel , rörelsesvårigheter, blodtrycksförändringar, tics, muntorrhet, viktförlust, humörförändringar, hosta. Biverkningarna är ofta övergående, särskilt de vanligaste. Då vissa patienter får sömnproblem av metylfenidat används ibland sömnmedel. Vanliga i sammanhanget är Circadin (melatonin) och Propavan (propiomazin).

Metylfenidat är beroendeframkallande i mycket höga doser, dock inte i de doser som används vid behandling av ADHD eller ADD.

Preparaten ger s.k. "falsk" positivt utslag på drogtester, tex. inom sport- eller polisutredning. Vid brottsmisstanke måste giltiga intyg på medicineringen rapporteras in. Vid sportutövande på hög nivå måste metylfenidatanvändaren ansöka om dispens före tävling.